簡單地說，為達最高效益，益生菌補給品必須符合下列三大準則：

• 針對特殊需求之最佳菌種。
• 必須交付足夠數量的活菌到腸道。
• 必須是人體內存活相當時間。

英國乳酸菌權威普南摩博士（Nigel Plummer）提出他個人的益生菌補給品評鑑標準：

• 1.每一劑量含有至少十億之活菌。
• 2.標示有效期限。
• 3.含有與人體相容的嗜酸乳酸菌和比菲德氏菌。
• 4.可以安全通過胃酸和膽汁的關卡。
• 5.在腸道定居。

兩個思考角度，補充益生菌然後請抗生素來殺死它們，這和吃解毒藥同時再吃毒藥沒什麼兩樣，所以補充益生菌時最好避免吃抗生素。

可是，如果吃抗生素已經是迫在眉梢的選擇，從腸道好菌面臨劫難的考量，更應加倍補充高效價的益生菌。